O Mestrado em Ciências Religiosas adequado à nova organização decorrente do Processo de Bolonha (Despacho 16 232/2006) foi, em 2010, objeto de acreditação preliminar por parte da Agência A3ES (CEF/0910/16797). Oferece as seguintes áreas de especialização:

• Educação Moral e Religiosa Católica em ordem à profissionalização de docentes dos ensinos básico e secundário na área de Educação Moral e Religiosa Católica (Despacho nº 6809/2014 [1]). O curso recorrerá às metodologias do b-Learning, permitindo a concentração das atividades letivas presenciais num dia da semana.
• Animação Sócio-Religiosa com modalidade de adequação do grau de Licenciatura em Ciências Religiosas (5 anos) ao grau de Mestre, no âmbito do processo de Bolonha.